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혼성화 과정은 겔, 필터 또는 용액뿐만 아니라 조직학적 또는 염색체 표본에서도 수행할 수 있습니다. 이 방법을 현장 혼성화(in situ hybridization)라고 합니다. 형광염색체로 표지된 DNA 또는 RNA 표본을 프로브로 사용하는 이 방법의 변형을 FISH(fluorescein in situ hybradization)라고 합니다. 표지된 DNA 프로브는 감별 염색되고 혼성화(변성)를 위해 준비된 중기 염색체 표본에 적용됩니다. 프로브가 게놈 DNA에 쉽게 접근할 수 있도록 염색체를 예비 처리합니다. 결합되지 않은 DNA 분자를 세척하고 감광 에멀젼(방사성 표지 사용 시)을 적용하거나, 적절한 처리(비오틴 또는 플루오레세인 표지 DNA 프로브 사용 시)를 수행한 후, 사용된 DNA 프로브와 상보적인 DNA 서열의 위치 결정 부위를 특정 염색체의 해당 부분 위에 특징적인 점으로 현미경으로 직접 검출할 수 있습니다.
이 연구 방법을 사용하면 연구 대상 유전자의 염색체 연관성뿐만 아니라 염색체 내 위치도 확인할 수 있습니다.