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장내 예르시니아증 치료를 위한 항생제 중에서는 3세대와 4세대의 류신 숙시네이트 나트륨과 세팔로스포린이 선호됩니다.
중등도 및 중증 형태에서는 항생제 치료 외에도 해독(1.5% 리암베린 용액), 수분 보충 조치, 항히스타민제, 비타민, 식이요법 등의 증상 치료가 처방됩니다.
패혈성 예르시니아증에서는 일반적으로 두 가지 항생제(경구 및 비경구), 프로바이오틱스(아시폴 등), 그리고 글루코코르티코이드가 처방됩니다. 관절염과 결절성 홍반에서는 항생제가 효과가 없으며, 항류마티스제와 글루코코르티코이드를 병용해야만 진행을 멈출 수 있습니다. 항균 치료의 효과를 강화하고 부작용을 줄이기 위해 복합 치료에 폴리엔자임 약물인 우벤자임을 포함하는 것이 권장됩니다. 사이클로페론(메글루민 아크리도나세테이트)을 예르시니아증 복합 치료에 포함했을 때 효과가 나타났습니다.
맹장염, 농양, 골수염의 경우 수술적 개입이 필요합니다.