만성 C형 간염의 예후는 매우 다양합니다. 어떤 경우에는 1~3년 내에 자연적으로 호전되는 양성 과정을 거치는 반면, 다른 경우에는 간경변으로 전환되는 진행이 관찰됩니다. 이탈리아에서 실시한 연구에 따르면 수혈 후 간염이 있는 135명의 환자 중 77%가 만성 간염이 발생했습니다. 15년 기간이 끝날 무렵, 간 생검 중 65명의 환자에서 간경변이 발견되었습니다. 간경변을 앓고 있는 환자의 절반은 생명을 위협하는 합병증이 발생했습니다. 일본 저자들은 수혈 후 간염 후 간경변이 발생하기까지 20~25년이 걸리고 간세포암이 발생하기까지 약 30년이 걸린다고 합니다. 미국의 전문 센터에서 치료받은 수혈 후 만성 HCV 감염 환자의 경우 질병이 진행되어 간부전과 간세포암으로 사망했습니다.
일반적으로 간 질환의 생화학적 및 조직학적 징후에도 불구하고 만성 C형 간염은 무증상이며 간부전이 늦은 단계에서 발생하기 때문에 장기 예후가 있습니다.
HCV 감염과 간세포암 사이의 연관성은 스페인, 이탈리아, 일본, 미국에서 수행된 연구를 통해 확인되었습니다.
불량한 예후 인자로는 매우 높은 혈청 트랜스아미나제 활성, 간 생검에서 활동성 간경변 소견, "바이러스 부하"(높은 HCV-RNA 수치), 유전자형 1b, 그리고 알코올성 간 질환이나 HBV 감염과 같은 동반 질환 등이 있습니다. 인터페론 치료 완료 후 HCV-RNA 검사 결과가 양성이면 재발 가능성이 높음을 의미합니다.