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소화불량 진단은 병력 자료를 기반으로 하며, 이를 통해 영양의 특성과 양상을 파악할 수 있습니다. 질병의 임상 징후 평가, 대변의 육안 및 현미경 검사 결과 등이 있습니다. 반면, X선 및 내시경 검사 결과는 그다지 유용하지 않습니다. 십이지장-공장 내용물과 대변의 효소 측정이 어느 정도 도움이 될 수 있으며, 진행된 경우에는 다양한 물질의 흡수 검사와 벽측 소화 검사가 도움이 될 수 있습니다.
소화불량은 소화 장애 증후군(위축성 위염, 만성 장염, 외분비 기능 부전을 동반한 만성 췌장염 등)과 감별해야 합니다. 이 질환이 소화기 이상과 연관되어 있고, 다른 소화기관의 기능적 및 형태학적 변화가 배제되어 있으며, 영양 상태가 정상화되면 장내 소화불량 증상이 소실되는 것이 정확한 진단에 도움이 됩니다.