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간성뇌증의 예후는 간세포 기능 부전의 중증도에 따라 달라집니다. 간 기능은 비교적 정상이지만 장내 질소 화합물 농도가 증가하면서 심한 측부 순환을 보이는 환자는 예후가 더 좋은 반면, 급성 간염 환자는 예후가 더 나쁩니다. 간경변증의 경우, 간부전의 주요 지표인 복수, 황달, 낮은 혈청 알부민 수치가 나타나면 예후가 악화됩니다. 혼수상태가 아닌 조기에 치료를 시작하면 성공 가능성이 높아집니다. 간성뇌증 발생에 기여하는 감염, 이뇨제 과다 복용, 출혈 등의 요인이 제거되면 예후가 개선됩니다.
뇌병증의 임상적 경과가 불안정하기 때문에 치료 성공 여부를 평가하기 어렵습니다. 새로운 치료법의 효과는 통제 연구에서 많은 수의 환자에게 적용한 후에야 판단할 수 있습니다. 만성 뇌병증(문맥정맥 문합술과 밀접한 관련이 있음) 환자에서 우수한 치료 효과는 회복 사례가 드문 급성 간부전 환자에서 관찰된 결과와는 별도로 고려해야 합니다.
노인 환자는 뇌혈관 질환과 관련된 추가적인 질환을 가질 수 있습니다. 문맥 폐쇄 및 문맥정맥 문합술을 받은 소아는 지적 또는 정신적 장애가 발생하지 않습니다.