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궤양과 유사한 형태의 경우 상복부에 다양한 강도의 지속적 또는 주기적 통증이나 불편함이 관찰되며, 종종 공복 시나 밤에 발생하고, 식사 후 또는 항산분비제를 복용한 후에는 줄어듭니다.
기능성 소화불량의 운동이상 변형에서 환자는 무거움, 복부 팽창, 복부의 충만감, 식사 후 상복부의 무거움, 메스꺼움, 구토, 빠른 포만감 등의 형태로 소화불량 장애로 괴로움을 받습니다.
비특이적 변이에서는 혼합된 증상이 관찰되며, 주요 증상을 식별하기 어렵습니다.
기능성 소화불량은 상당한 진행 없이 장기간(수년간) 지속되는 것이 특징입니다.