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자가면역성 간염의 경과와 예후는 매우 다양합니다. 황달과 쇠약이 악화되는 주기를 반복하며 경과가 불규칙합니다. 만성 간염이 이러한 방식으로 진행되면, 드문 경우를 제외하고는 필연적으로 간경변이 초래됩니다.
10년 생존율은 63%입니다. 2년간 코르티코스테로이드 치료 후 달성된 관해는 환자의 3분의 1에서 최대 5년까지 지속되지만, 3분의 2에서는 재발하여 2차 치료가 필요합니다. 코르티코스테로이드를 반복 투여할수록 부작용이 더 많이 나타납니다. 평균 수명은 12.2년입니다. 사망률은 질병이 가장 활발한 첫 2년 동안 가장 높습니다. 질병을 조기에 진단하고 적절한 면역 억제를 달성한 경우 지속적 관해가 더 흔합니다. 코르티코스테로이드 치료는 환자의 수명을 연장하지만, 결국 대부분 말기 간경변으로 발전합니다.
폐경 후 여성은 초기 코르티코스테로이드 치료에 반응하지만 후기에는 더 많은 부작용이 나타납니다.
HLA-B8 환자는 대개 젊고, 치료 당시 질병이 더 심각했으며 재발이 더 자주 발생합니다.
식도 정맥류는 흔한 조기 소견은 아닙니다. 그러나 식도 정맥류 출혈과 간세포 부전은 흔한 사망 원인입니다.